Povinnost podat poplatkové přiznání má poplatník za provozovnu, u které je celková výše poplatku za poplatkové období 50 000 Kč a více. Sazby poplatků jsou zákonem stanoveny pro čtyři zněčišťující látky – TZL, SO2, NOx a VOC a jsou stanoveny za tunu vypuštěné znečišťující látky za rok. Zpoplatněny jsou potom pouze ty znečišťující látky, které dotčený stacionární zdroj vypouští a pro které má současně stanovenou povinnost zjišťovat úroveň znečišťování podle zákona. Zjednodušeně lze říci, že zpoplatnění podléhají znečišťující látky, jejichž emise musí provozovatel měřit nebo počítat.
Zákon č. 201/2012 Sb. dává možnosti snížení celkové výše poplatků za provozovnu. V ustanovení odst. 5 a 6 § 15 zákona č. 201/2012 Sb. jsou uvedeny podmínky, za jakých je možné snížení či nevyměření poplatku za některé znečišťující látky.
